Regional naturvariasjon omfatter variasjon i makroklimatiske forhold og/eller andre miljøforhold som gir opphav til mønstre på stor romlig skala.

Regional naturvariasjon beskrives ved hjelp av seks regionale komplekse miljøvariabler (RKM), som har betydning for variasjonen i artssammensetning på stor skala. RKM-ene omfatter én variabel for historisk ferskvannsforbindelse mot øst, to gradienter for kystvannseksjoner og -soner, og tre gradienter for bioklimatiske seksjoner og soner. Bioklimatiske seksjoner og soner er blant de viktigste variablene for å forklare variasjon i artssammensetning og arters utbredelsesmønster.

Med små endringer er klasse/trinninndelingen av regional miljøvariasjon i NiN versjon 1 videreført i NiN versjon 2. Et unntak er variabelen "marine vannmassetyper" som inngår som en "regional økoklin" i NiN versjon 1, men som i NiN versjon 2 kommer til uttrykk som en lokale kompleks miljøvariabel, dybderelatert miljøstabilisering (DM). Historisk betingete biogeografiske mønstre, som er diskutert som mulig regional naturvariasjon i NiN versjon 1, er i NiN versjon 2.1 tentativt inkludert som variabel innenfor denne kilden til variasjon.