En tjeneste fra Artsdatabanken
Artskart API
Publisert Sist endret

Artsdatabanken har en egen api tilgjengelig for å kunne lese informasjon fra Artskart 2 databasene.

Den åpne ut-data api-en til datagrunnlaget for Artskart tjenesten er tilgjengelig og automagisk dokumentert her:

https://artskart.artsdatabanken.no/publicapi/swagger

NB! den gamle webadressen - http://webtjenester.artsdatabanken.no/artskart/ er i ferd med å saneres og vil snarlig bli deaktivert.

Det nye API'et er bakoverkompatibelt med det gamle api'et - men inneholder mer data da den er basert på den teknologiske plattformen i Artskart 2, der bl.a. EventCore data og andre kilder som ikke tidligere var tilgjengelig i Artskart 1 - er med.

Noe dokumentsjon og eksempler er og tilgjengelig via www.artsdatabanken.no/Pages/180954 (utdatert)

Videre dokumentasjon som skal hjelpe til med å forstå forutsetningene for api'et, noen eksempler og koplinger mellom objekttyper er tilgjengelig i teksten under.

Datagrunnlaget i artskart

I en tidlig fase av Artskart bestemte man seg for å samarbeide med Gbif-norge, og så fordeler ved Gbif's utvekslingsformat for Artsfunn - Darwin Core Archive. Artskart høster hver natt data fra naturvitenskapelige institusjoner i norge på dette formatet og lagrer en lokal kopi av disse grunnlagsdataene er en lokal Cache. Innholdet i denne cachen eksponeres via Apiet og gir dermed tilgang til rådata - før de blir prosessesert inn i Artskart løsningen, innsynsklienten, wms tjenester o.l.

Alle kildedatabaser har fått en id i artskart - og denne id'en kan brukes til å laste ned komplette datasett for de respektive kildedatabasene.

api metode for å lese ut info om kildedatabasene - kommer....

 

 

'Observasjoner' i Api-et

Etter høsting og lagring av DarwinCore Records i den lokale Cachen - importeres funnene i Artskart - indeksen.

DarwinCore objektet sjekkes da for en del ting:

De postene som passerer disse kriteriene kommer inn i Artskart tjenestene.

Api'et knytt til Observation - gjør det mulig å søke ut disse funnene basert på en rekke kriterier.

....

Taksonomi

Artskart høster hver natt endringer i taxonomi fra Artsnavnebase og lagrer dette i en intern struktur - TaxonInfo.

Taxoninfo er en gruppering av navn og annen relatert informasjon som gyldig/anbefalt navn, synonymer, populærnavn o.s.v. organisert som et Taxon - med en id. Denne id'n kommer også fra Artsnavnebase. Et Taxon vil alltid ha et gyldig vitenskapelig navn og peker derfor direkte på dette og navnene til hovednivå som rike, klasse, orden osv... Videre vil taxon peke på overordnet taksonomi - sti - både ved hjelp av taxonid og scientificnameid. Om det finnes vil og taxon være 'tagget' med pekere til kategorier av rødlistestatus, fremmedartstatus o.l.

Eksempel på api kall: http://webtjenester.artsdatabanken.no/Artskart/api/taxon/45044

{
  "DateTimeUpdated": "2015-11-22T12:46:06.9426857",
  "CategoryValue": "species",
  "TaxonId": 45044,
  "ValidScientificNameId": 69071,
  "ValidScientificName": "Cladonia chlorophaea",
  "ValidScientificNameAuthorship": "(Sommerf.) Sprengel",
  "PrefferedPopularname": "pulverbrunbeger",
  "TaxonGroup": "Lav",
  "TaxonGroupId": 37,
  "ExistsInCountry": true,
  "ScientificNames": [
    {
      "ScientificNameId": 69071,
      "Accepted": true,
      "ScientificName": "Cladonia chlorophaea",
      "ScientificNameAuthorship": "(Sommerf.) Sprengel"
    },
    {
      "ScientificNameId": 86142,
      "Accepted": false,
      "ScientificName": "Cladonia chlorophaea intermedia",
      "ScientificNameAuthorship": ""
    },
    .......
  ],
  "PopularNames": [
    {
      "vernacularNameID": 25330,
      "language": "nb-NO",
      "Name": "pulverbrunbeger",
      "Preffered": true
    }
  ],
  "TaxonTags": [
    {
      "TagGroup": "Norsk Rødliste 2015",
      "Prefix": "RL2015",
      "Context": "N",
      "Tag": "LC",
      "Url": "http://pavlov.itea.ntnu.no/r2015beta/rodliste2015/Norge/69071",
      "ScientificName": ""
    },
    {
      "TagGroup": "Norsk Rødliste 2015",
      "Prefix": "RL2015",
      "Context": "S",
      "Tag": "LC",
      "Url": "http://pavlov.itea.ntnu.no/r2015beta/rodliste2015/Svalbard/69071",
      "ScientificName": ""
    }
  ],
  "ScientificNameIdHiarchy": [
    69071,
    69017,
    69000,
    1001,
    127735,
    128057,
    976,
    975
  ],
  "TaxonIdHiarchy": [
    45044,
    44990,
    44973,
    1001,
    84564,
    84921,
    976,
    975
  ],
  "Kingdom": "Fungi",
  "Phylum": "Ascomycota",
  "Class": "Lecanoromycetes",
  "Order": "Lecanorales",
  "Family": "Cladoniaceae",
  "Genus": "Cladonia",
  "Species": "chlorophaea",
  "SubSpecies": null,
  "IsDeleted": false
}

Observations - funn - som er prossesert i Artskart og tilgjengelig via Api'et - vil alle henge på en TaxonInfo - via dens id.

Eksempel på en ObservationDetail via Apiet: http://webtjenester.artsdatabanken.no/Artskart/api/observations/Observations/O/L/100004

json : {"species":"chlorophaea","Id":"Observations/O/L/100004","Institution":"Naturhistorisk Museum - UiO","InstitutionCode":"O","InstitutionUrl":"http://www.nhm.uio.no/","InstitutionLogoUrl":"http://artskart2.artsdatabanken.no/images/logoer/o.png","Collection":"Lav","CollectionCode":"Collections/O/L","CatalogNumber":"100004","DetailUrl":null,"Collector":"Jebe, F.","CollectedDate":"22.08.1918","IdentifiedBy":"Tønsberg, T.","DatetimeIdentified":"01.01.1981","BasisOfRecord":"objekt","TaxonId":45044,"Habitat":null,"DatasetId":null,"DatasetName":null,"ObsUrl":null,"Name":"pulverbrunbeger","ScientificName":"Cladonia chlorophaea","Author":"(Sommerf.) Sprengel","kingdom":"Fungi","phylum":"Ascomycota","klass":"Lecanoromycetes","order":"Lecanorales","family":"Cladoniaceae","genus":"Cladonia","subspecies":null,"specificEpithet":null,"infraspecificEpithet":null,"Status":"Livskraftig (LC), Rødlista 2010","TypeObj":null,"Sex":null,"Count":null,"Notes":"Det. Lynge","Country":null,"County":"Oppland","CountyId":5,"Municipality":"Nord-Fron","MunicipalityId":516,"Locality":"Gudbrandsdalen: Vinstra","Longitude":"9,46214","Latitude":"61,59946","Precision":"40928","FootprintWKT":null,"East":206392.0,"North":6842056.0,"Projection":32633,"Info":null,"PropertyUrls":[{"Type":"Norsk Rødliste 2015","LinkTekst":"Livskraftig (LC), Rødlista 2010","Url":"http://pavlov.itea.ntnu.no/r2015beta/rodliste2015/Norge/69071"},{"Type":"Norsk Rødliste 2015","LinkTekst":"Livskraftig (LC), Rødlista Svalbard 2010","Url":"http://pavlov.itea.ntnu.no/r2015beta/rodliste2015/Svalbard/69071"}],"ThumbImgUrls":[],"Behavior":null}

Hvis det er endringer i taxonomien - vil en nattjobb prøve å flytte Observations over på riktig TaxonInfo, snarveier direkte på 'Observation' som peker på gyldig navn og populærnavn, kategorier o.l. - vil da endres.