Smalsporet sandbeger er knyttet til elveavsatt materiale (og kalkbrudd) og utsatt for inngrep i forbindelse med vassdrag. Arten er liten og vurderes som lite ettersøkt med høye mørketall. Det er 6 kjente lokaliteter i Norge. Det virkelige antallet lokaliteter antas å ikke overstige 100, noe som tilsvarer et anslag på 2000 individer (20 individer pr. lok.). Bestandsnedgang er vanskelig å vurdere. Arten rødlistes som NT etter D1 pga. små populasjoner med <2000 individer.