Da den første versjonen av NiN ble lansert i 2009, var det det siste i en rekke av naturkartleggingsverktøy som har vært brukt i Norge de siste 100 åra. Siste versjon av NiN – versjon 3.0 ble lansert i 2023. 

Fra 1920-tallet og fram til 1990-tallet, kartla man først og fremst vegetasjon i Norge. Altså skog, planter, moser, osv. Ut ifra hva slags vegetasjon som fantes i et område, kunne man si mye om økologi, arter, naturtilstand, forvaltningsbehov og ressurser. 

Fram mot 1990-tallet økte bevisstheten om miljøvern og hvor viktig det var å ta vare på naturmangfoldet. Fra slutten av 90-tallet ble det lansert flere kartleggingshåndbøker, blant annet «DN-håndbok 13», som gjaldt kartlegging på land. Disse håndbøkene kunne ikke brukes til å beskrive all natur, men definerte en del utvalgte naturtyper som ble regna som spesielt verdifulle for naturmangfoldet. 

I 2004 la regjeringa fram et utkast til Lov om bevaring av natur, landskap og biologisk mangfold. Bruk og vern av naturmangfold, basert på økologiske prinsipper, skulle nå bli en del av lovverket.  

Det meldte seg etterhvert behov for et mer presist og omfattende system for kartlegging av naturtyper, med lite rom for tolkning. Det var også viktig å få etablert et system som dekka all natur i Norge – vanlig som uvanlig. «DN-håndbok 13» inneholdt bare definisjoner på et utvalg ulike naturtyper. Samtidig var det mye rom for ulik tolkning innenfor beskrivelsene av naturtypene, og mange sentrale regler for kartlegging manglet. 

I 2005 fikk Artsdatabanken i oppdrag å utvikle et helt nytt system for beskrivelser og kartlegging av natur i Norge. For å løse oppdraget, ble det satt ned ei faggruppe. Systemet de utvikla ble, naturlig nok, kalt Natur i Norge.  

I 2009 ble Lov om forvaltning av naturens mangfold, også kalt Naturmangfoldloven, vedtatt av Stortinget. Samme år ble den første versjonen av NiN lansert. Fram til 2015 ble både NiN og «DN-håndbok 13» brukt til beskrivelser og kartlegging av naturen. I 2015 bestemte Stortinget at all naturtypekartlegging i regi av det offentlige skal foregå ved hjelp av NiN. Dette ble slått fast i Meld.ST 14 (2015-20116) Natur for livet, Norsk handlingsplan for naturmangfold. 

Siste versjon av NiN, versjon 3.0, ble påbegynt i 2018. Det ble da etablert et Vitenskapelig råd for NiN med et eget mandat. Det Vitenskapelige rådet avsluttet sitt arbeid i desember 2022.  

NiN ligger til grunn for utarbeidelsen av norsk rødliste for naturtyper.