Ulike natursystem-hovedtypegrupper skiller seg med hensyn til omfanget av eutrofiering i dag og den historiske eutrofieringsutviklingen i et hundreårsperspektiv. Den viktigste årsaken til dette er at det finnes flere årsaker til eutrofiering, og at eutrofieringsforløpet og omfanget av eutrofieringseffekter derfor er og har vært ulikt i ulike typer natur.

I ferskvann er lokale utslipp fra landbruk og avløp fra industri og husholdninger viktigste årsaker til eutrofiering. Innsjøer som mottok store mengder urenset spillvann fra husholdningene ble etter hvert kraftig eutrofiert. Mjøsa er et klassisk eksempel på en innsjø som, målt med algemengden som indikator, var svært sterkt eutrofiert i 1960- og 1970-årene. Først og fremst skyldtes den høye eutrofieringgraden stor tilførsel av fosfor. Vannkvaliteten var enkelte steder så dårlig at den ville kvalifisere til eutrofieringstilstand (EU) trinn 5 sterk eutrofieringseffekt. Tiltak som ble satt inn fra omkring 1970, blant annet bedre vannrensing og forbud mot bruk av fosfat i vaskemidler, førte raskt til bedring av vannkvaliteten i Mjøsa [se for eksempel Baalsrud (1982)] og andre innsjøer som var overgjødslet med fosfor. Norske vannforekomster tilføres imidlertid også nitrogen, dels ved avrenning fra landbruksarealer, dels på grunn av langtransporterte luftforurensninger. I Artikkel 28 påvises at en vegetasjonsgradient (planteartssammensetningsgradient; se Artikkel 1: D1c, D1d for forklaring av begrepsapparatet for gradienter) relatert til eutrofieringstilstand (EU) er blant de aller viktigste vegetasjonsgradientene i ferskvann i Norge. I motsetning til fosfor, har imidlertid tilførslene av nitrogen endret seg lite over tid; bare en svært svak nedgang i nitrogenkonsentrasjonen i nedbøren har blitt observert på de norske målestasjonene etter 1990 (Aas et al. 2008; se Fig. 1).

Nitrogeninnholdet i norske vannforekomster har endret seg lite gjennom de siste tiårene (Anonym 1996). Resultatet av tilstandsvurderingen av norske ferskvannsforekomster (innsjøer og elvestrekninger) høsten 2007 viste likevel at over halvparten av den samlete lengden av norske elvestrekninger og over halvparten av innsjøene (veiet på grunnlag av overflateareal) ble vurdert som ’lite eller ikke påvirket’ av landbruk og spredte/kommunale avløp; de viktigste kildene til eutrofiering (www.vannportalen.no; se også Nybø et al. 2008). Vannkvalitetsgrad ’lite eller ikke påvirket’ i henhold til EUs vannrammedirektiv (se Artikkel 1: Tabell 4) svarer til eutrofieringstilstand (EU) trinn 1 ubetydelig eutrofieringseffekt, og 2 meget svak eutrofieringseffekt i NiN, i noen grad kanskje også nedre del av trinn 3 svak eutrofieringseffekt (Tabell 1). I størrelsesorden 10–20 % av vannforekomstene ble vurdert som ’mye påvirket’ av disse faktorene, svarende til trinn 5 sterk eutrofieringseffekt.

Også i havet kan høy nitrogentilførsel føre til algeoppblomstring og, i hvert fall periodevis, kritisk oksygenmangel i vannforekomster med begrenset vannutskifting (fjord med grunn terskel og fjæresone-sjø [1] poll). Saltvannsforekomster kan imidlertid være naturlig utsatt for oksygenfattigdom eller oksygenfrihet på grunn av spesielle strømnings- eller sirkulasjonsforhold. Langvarig oksygenmangel fører til gjennomgripende endringer i artssammensetning [se beskrivelsen av den lokale basisøkoklinen vannsirkulasjon: oksygentilgang (VS–A)], mens effektene av kortvarig oksygenmangel (for eksempel med varighet ett år) repareres raskt (Rosenberg et al. 2002). Dette viser at angivelse av eutrofieringseffekt må baseres på observasjoner over en periode som er lang nok til å gi et representativt bilde av forholdene. Tilstandsvurderingen av kystvann utenfor Norge gjort høsten 2007 resulterte i at under 10 % av kyststrekningen ble vurdert som ’moderat påvirket’ [svarer til eutrofieringstilstand (EU) trinn 3 svak eutrofieringseffekt)] av eutrofi-relaterte faktorer (kommunale avløp, spredte avløp, landbruk, langtransporterte forurensninger) og at under 2 % ble karakterisert som mye påvirket [eutrofieringstilstand (EU) trinn 4 moderat eutrofieringseffekt)] (www.vannportalen.no; se også Nybø et al. 2008).

Effekter av nitrogendeposisjon på artssammensetningen i åpen myr (natursystem-hovedtypegruppa våtmarkssystemer) er påvist i Sverige (Gunnarsson et al. 2002) og Sentral-Europa (Bobbink et al. 1998. Limpens et al. 2003), men foreløpig ikke med sikkerhet i Norge. Myr med ombrogene partier [landskapsdel-grunntypen våtmarksmassiv [1] høymyr og terrengdekkende myr], det vil si som domineres av kalkinnhold (KA) trinn 1 ombrogen, er særlig utsatt for vegetasjonsendringer fordi hele nedbørsmyrsystemet er tilpasset en mer eller mindre lukket nitrogensirkulasjon (Svensson 1995, Nordbakken et al. 2003). Ingen av effektene som er observert eller sannsynliggjort i myr i Norge så langt svarer til en eutrofieringsgrad høyere enn eutrofieringstilstand (EU) trinn 2 meget svak eutrofieringseffekt.

I Sentral-Europa (Bobbink et al. 1998), i noen grad også i Sør-Sverige (for eksempel Odell & Ståhl 1998), er det påvist økning i innslaget av nitrofile arter i landvegetasjonen [se oversiktsartikkel av Gilliam (2006)]. I Norge er ikke andre sikre endringer i artssammensetning påvist som kan forklares som resultat av eutrofiering enn endringene i kystlynghei på søndre Vestlandet som blir beskrevet av Fremstad (1992). Økningen av smyle (Avenella flexuosa) i enkelte overvåkingsområder i barskog i enkelte tidsperioder på 1990- og 2000-tallet (R. Økland & Nordbakken 2004, T. Økland et al. 2007, Halvorsen et al. 2009) kan være tegn på en pågående eutrofieringsprosess. Det er sannsynlig at eutrofiering bidrar til økt innslag av nitrogenelskende arter også i andre systemer, spesielt i kulturmarkseng (Norderhaug et al. 1999).