Humler har som andre sosiale Hymenoptera-arter et haplo-diploid genetisk system, hvor hunnene (dronninger og arbeidere) er diploide (dobbelt sett av kromosomer), mens hannene er haploide (enkelt sett av kromosomer).

Dersom humlebestander reduseres til et minimum, vil de bli mer sårbare for tilfeldige hendelser. Humlesamfunnet er grunnlagt av en enkelt dronning, og på grunn av det haplo-diploide genetiske systemet blir den effektive bestandsstørrelsen lik antall humlebol multiplisert med 1,5. Små isolerte bestander vil ha liten eller ingen utskifting av individer med nabobestander, og vil dermed tape genetisk mangfold. Dette kan føre til at skadelige recessive (vikende) alleler (alternative utgaver av et gen) får innpass i bestanden. Små bestander kan være utsatt for innavlsdepresjon. Det er påvist redusert kolonidannelse, lavere eggproduksjon hos dronninger og redusert vinteroverlevelse som resultat av paring mellom bror og søster.

Et annet eksempel på innavlsdepresjon er at det i små bestander kan opptre reduksjon i antall kjønnsalleler, noe som øker sannsynligheten for at en dronning parer seg med en hann som har en av hennes kjønnsbestemmende alleler. Det kan resultere i at det produseres 50 % diploide hanner. Disse hannene har lav fertilitet og redusert immunrespons, og representerer derfor en kostnad for kolonien. Diploide hanner er sjelden registrert under naturlige forhold, men er påvist hos artene kysthumle, enghumle og lynghumle i Skottland (Ellis et al. 2006, Darvill et al. 2012). Det ble i samme området påvist triploide arbeidere av kysthumle og lynghumle, noe som viser at diploide hanner er fertile (Darvill et al. 2012).

Innavl fører ikke nødvendigvis til innavlsdepresjon og at bestander dør ut. Det er mange eksempler på at introduserte humlebestander har klart seg godt selv om de er grunnlagt av få utsatte individer. Selv om det ikke foreligger sikre bevis på at innavl har ført til at små isolerte bestander av humler har dødd ut, er det likevel sannsynlig at det ofte har vært en medvirkende årsak (Goulson et al. 2008). I en undersøkelse i Nord-Amerika ble det funnet at humlebestander med stor bestandsnedgang (opptil 96 %) hadde lav genetisk diversitet og høyere infeksjonsnivå av sykdomsparasitten Nosema bombi sammenlignet med arter som hadde stabile bestander. Det ble antatt at økt innavl og genetisk drift i små bestander ga økt mottagelighet for infeksjon av denne sykdomsparasitten (Cameron et al. 2011).

For å sikre langsiktig bevaring av våre mest sjeldne humler er det viktig at leveområdene er store nok og at delbestander har forbindelse med hverandre slik at de kan utveksle individer og derved redusere risikoen for innavl.